Divulgació


Logo iMolsPrimera novetat de l’any i és una novetat de les grosses: iMols! iMols és una plataforma de serveis, eines i bases de dades quimio i bioinformàtiques en la que he estat treballant els darrere mesos (bé, podria dir any!). De fet, quan vaig fundar Mind the Byte ja tenia l’eina al cap i l’anava perfilant en la meva imaginació i algun esbós des de feia molt de temps.

Amb iMols, els usuaris poden (concretament, podran, ja que no totes les funcionalitats esta actives) cercar molècules, predir-ne activitats i gestionar quimio i proteoteques, entre moltes altres funcionalitats. En una primera fase, l’eina incorpora només informació provinent d’una base de dades pública però la intenció és anar-la enriquint amb més informació tnat pública (sempre que la lllicència ho permeti), com d’empreses de síntesi, així com la pròpia dels usuaris (aquesta darrera però estarà només disponible per als usuaris que l’hagin afegit).

De moment hem publicat una versió “alpha” gratuïta i de prova ja que som conscients que les funcionalitats de la plataforma són encara un xic limitades i, tot i que hem vetllat per l’estabilitat del sistema i la integritat de les dades que hi ha, és tot just la primera versió d’una eina molt complexa per dins i volem estar segurs que tot funciona bé. D’aquí unes setmanes, quan hi afegim més funcionalitats i en garantim l’estabilitat, oferirem ja versions de pagament.

Podeu accedir a iMols des d’aquí: www.imols.com

Avui és un bon dia per la ciència del país. Avui s’inaugura el Sincrotró Alba, instal·lat a Cerdanyola del Vallès. El sincrotró per si mateix ja és notícia, és la primera instal·lació científica d’aquesta magnitut que tenim a casa. Però, a més a més, l’entramat de recerca público-privada que es crearà al voltant de la instal·lació és del tot prometedor.

Avui és un bon dia, és un pas més per apostar per la ciència, per sociabilitzar la recerca i fer-la més propera a la gent.

Ara fa quasi un any, en motiu de La Marató de TV3, parlava de la filantropia a casa nostra i em queixava del poc introduïda que tenim aquí la figura del mecenatge científic. És cert, no estem ni a l’alçada d’Europa i, ni molt menys, dels Estats Units. Estem massa acostumats a viure del poder públic i a que l’Estat (o Generalitat) treballi per nosaltres.

Aques matí però, he llegit un escrit a al bloc del Prof. Enric Canela que m’ha sorprès: El mecenatge per a la recerca comença a créixer. En aquest escrit parla d’un article aparegut a La Vanguardia d’ahir en que expliquen que el mecenatge a casa nostra ha passat dels 4.2 milions d’euros el 2005 als 17.9 del 2009.

Tal com diu, encara estem per sota de molts països europeus però és una noticia que m’ha sorprès i m’ha alegrat.

La Marató de TV3 d’enguany està dedicada a les malalties rares, malalties que, a l’afectar una minoria de la població, no reben l’atenció ni tenen els tractaments que tenen les malalties “rentables”.

Aquestes malalties afecten una proporció molt baixa de població i això fa que no siguin “rentables” per als laboratoris farmacèutis que, desenganyem-nos, són, per norma general, els encarregats de llançar nous fàrmacs i/o tractaments al mercat. I, per tant, aquestes empreses es mouen per les regles del mercat i, on no hi ha diners, no hi inverteixen. Aquestes malalties, tot sovint, no són prou rentables i, per tant, no disposen ni de la recerca ni dels tractaments que tenen d’altres malalties. Em sona (i ara ho dic de cap) que algunes administracions donen algun tipus d’ajuda a les indústries que desenvolupen tractaments per a aquestes malalties, però, en molts casos, la recerca bàsica està encara massa endarrerida.

Hi ha però grups de recerca, tot sovint bàsica, que es dediquen a estudiar aquestes patologies, també hi ha grups de metges que miren d’identificar diferents casos i fer-ne un seguiment. I felicito tota aquesta gent, treballar en “coses” minoritaries no sempre és fàcil. I, per això m’alegro que la Marató d’enguany estigui dedicada a aquestes patologies.

Hi ha però, un altre grup de malalties “no rentables” i, en aquest cas, no són ni molt menys rares ni minoritàries: les malalties oblidades. Malalties que afecten milions de persones arreu del món però que, per desgràcia, són persones que no poden accedir a cap tractament, que no tenen poder adquisitiu per adquirir un hipotètic tractament i que, per tant, no interessen a aquells que busquen el negoci en el disseny de fàrmacs.

Com he dit, m’alegro que la Marató d’enguany tracti les malalties rares però em faria il·lusió i m’agradaria veure, en un futur, una Marató dedicada a les malalties oblidades.

La malalties oblidades, bàsicament tropicals, no són rentables. Afecten a milions de persones però, tot i així, hi ha escassos i antics (sovint, amb molts efectes secundaris) tractaments. Això és bàsicament perquè aquestes malalties afecten a països, a població, amb pocs recursos i, per tant, un laboratori que desenvolupi i comercialitzi un medicament per a aquesta població, rarament obtindrà els escandalosos beneficis que obté produïnt un comprimit contra la caiguda del cabell.

Això fa que, aquestes malalties tinguin, com he dit, escassos tractaments, antics i amb greus efectes secundaris. Si bé és cert que hi ha grups de recerca, tot i que són minoria, que poden fer recerca bàsica amb aquestes malalties, aquests grups no tenen, ni de bon tros, els recursos necessaris per engegar tots els engranatges necessaris per a desenvolupar un nou medicament.

Avui, fent una mica de bibliografia he trobat un article a PLoS Neglected Tropical Diseases, de finals d’agost que parla dels avenços en el desenvolupament de fàrmacs per a aquestes malalties. La lectura, llarga però interessant, resumeix el que s’ha fet i s’està fent en el desenvolupament de fàrmacs per aquestes malalties.

A finals del mes passat va saltar l’alarma. Venia de Mèxic i ens deia que hi havia molts morts (i encara més malalts) afectats per una nova grip, la grip porcina. De seguida van aparèixer casos als Estats Units i al Canadà, poc després a l’Estat Espanyol i així, mica en mica, anàven apareixent nous casos de la malaltia arreu del planeta.

La grip procina, coneguda com a grip A(H1N1) arreu del món i com a grip nova a l’Estat Espanyol, era una mutació del virus de la grip que afecta als porcs. El nou virus però, podia afectar persones i a la vegada hi havia indicis que la mutació havia dotat al virus de la capacitat de transmetre’s entre persones. Així doncs, hi havia indicis clars de perill de pandèmia: un nou virus contra el que no estem preparats i que, a més a més, s’encomana entre persones (cal recordar que la grip aviar, tot i ser en humans molt més virulenta, no s’encomanava entre persones).

De seguida es va procedir a aïllar als malalts que presentaven símptomes de grip i que o bé havien viatjat a Mèxic o havien estat en contacte amb persones que sí que hi havien viatjat. Paral·lelament, seguint els protocols establers, l’OMS va anar elevant el risc de pandèmia fins al nivell 5, el de pandèmia imminent, en el que ens trobem ara.

La cosa sembla que, més o menys, s’ha controlat. Seguim en el nivell 5 de pandèmia, però el virus sembla ser molt menys virulent del que es temia i el nombre de nous casos no augmenta al ritme dels primers dies. Segurament hi acabarà havent una pandèmia però l’afectació serà com a molt, com la grip estacional.

A la que la cosa s’ha calmat una mica però, ja hi ha les veus que anuncien que se n’ha fet un gra massa, que tot plegat és només un muntatge per despistar de la crisi, per blocar les exportacions de carn de porc d’alguns països,… ja no entro a valorar les diferents teories conspiradores sobre l’origen del virus.

El que sí que voldria fer són algunes reflexions sobre la situació. Primer de tot, no crec que se n’hagi fet un gra massa, com a mínim, des de l’OMS: hi ha uns protocols clars i públics que indiquen quan i com s’han de delcarar els diferents nivells de risc de pandèmia i què cal fer quan es passa d’un nivell a l’altre. En segon lloc, estem parlant d’un virus nou, els virus són patògens altament mutables i que a vegades costa de predir què faran i com aniran. És molt difícil saber com reaccionarà el cos humà davant d’un nou patogen i, és més, qui sap si en plena expansió, un nou virus que sembla poc greu, fa una nova mutació i es torna més virulent?

Així doncs, trobo ben normal que en aquests casos s’aïllin els malalts, les autoritats sanitàries es posin en contacte amb les persones que han estat en contacte amb un cas confirmat,… No podríem pensar que, potser, si la cosa no ha anat més enllà és perquè s’ha actuat com cal?

Avui és un dia especial, toca canviar de dècada. Així que…

[alfons@localhost~]$ uptime
30 years, 0 days, 9:21, 1 user, load average: 1.25, 1.12, 0.97

I, ja que parlo de dates, aquesta nit passarà un fet curiós (amb cert nivell de frikisme). La base del temps de UNIX són les 00:00:00 de l’1 de gener de 1970 i, a partir d’aquí, per calcular la data i hora actual, cal contar els segons de diferència. La nit que ve, quan passin 31 minuts i 30 segons de les dotze, haurem passat 1234567890 segons des de l’1 de gener de 1970. Correlació curiosa.

$ date ; date +%s
Sat Feb 14 00:31:30 CET 2009
1234567890

Crec que és hora d’explicar amb calma i una mica detalladament, amb llenguatge planer, a què em dedico, què faig al laboratori/despatx. Primer però, per posar-nos en situació, començaré parlant de la tesi i miraré d’explicar a què m’he dedicat durant els darrers cinc anys.

El mes d’octubre passat vaig acabar una tesi en química computacional. Què vol dir això? doncs que vaig fer una tesi on aplicava mètodes de la química computacional a resoldre problemes químics o bioquímics reals. Com ho feia? introduint una sèrie de molècules (un fitxer amb coordenades espaials “xyz” de la molècula a estudiar) a l’ordinador que, mitjançant uns determinats programes, obtenia l’estructura molecular de menys energia.

Bé, i què és això de l’estructura molecular de menys energia? una molècula, com tot, tendeix a estar en una forma que impliqui la menor energia possible. Com a exemple, penseu en la cera d’una espelma. Quan tenim l’espelma en forma d’espelma, la cera és sòlida però, si li administrem energia, l’excitem, passarà a una forma de més energia, líquida que, quan es refredi, tornarà a l’estat de menys energia, sòlid (tot i que haurà patit una transformació i tindrà una forma diferent a la inicial). Els programes que he emprat per fer els meus “càlculs” busquen quina estructura molecular té la mínima energia.

I què n’he fet d’aquestes estructures de mínima energia? Estudiar reaccions. Una reacció química és un procés de tres etapes. Es comença amb uns reactius per separat (l’espelma i el foc -sense que hagin entrat en contacte-) i s’acaba amb uns productes (l’espelma ja apagada amb una forma diferent a la inicial). Pel mig hi ha hagut un estat excitat anomenat estat de trancisió (l’espelma cremant). Amb l’ordinador es poden estudiar aquests tres estats d’una reacció i analitzar-la així, amb molt detall.

Els mètodes computacionals, sovint, ajuden a entendre el perquè una reacció té lloc en unes circumstàncies i no en unes altres, a analitzar les diferents vies per les que pot anar una reacció, perquè el producte d’una reacció és diferent a l’esperat,…

Durant la tesi, he aplicat aquests mètodes a entendre diferents sistemes de química orgànica i bioquímica. El protagonista ha estat un aminoàcid anomenat selenocistgeïna, aquest és un aminoàcid peculiar, poc freqüent i present en proteïnes que catal·litzen (controlen) reaccions on hi ha intercanvi d’electrons. Doncs bé, la selenocisteïna és molt similar a un altre aminoàcid anomenat cisteïna, però el primer té seleni on el segon hi té sofre. Aquest apartat de la tesi compara (analitzant totes les etapes d’una reacció catal·litzada per un enzim que conté selenocisteïna) quins avantatges té el seleni en front del sofre. Els resultats que tinc de moment mostren que el sistema amb seleni perd els electrons més fàcilment que no pas el sistema amb sofre.

A banda del tema anterior, col·laborant amb dos grups experimentals (dels que treballen amb tubs d’assaig i provetes), la tesi presenta l’estudi de tres reaccions orgàniques: la síntesi de 4-helicenoquinones, la síntesi de 5-helicenoquinones i l’ús de sals de guanidini com a catal·litzadors. En aquests tres projectes s’ha estudiat el perquè de determinats resultats experimentals, clarificant els processos intermitjos de la reacció i justificant el perquè d’algunes de les característiques dels productes.

En la propera entrega parlaré del que faig actualment a la feina.

Me’l van regalar ara fa uns dies, per la tesi i… un regal molt encertat! El llibre, escrit per un dels pares de l’estructura de l’ADN, en James Watson, explica, precisament, com van arribar a l’estructura de la doble hèlix.

La història comença amb l’arribada d’en Watson a Europa, com a post-doc, amb una beca del govern dels Estats Units. Va explicant els seus canvis de laboratori, reunions, recerca, gent,… fins arribar a la cursa final per a desxifrar l’estructura de l’ADN, explicant totes les teories i models previs a l’estructura definitiva.

A banda de ser una lectura divulgativa molt interessant (i ben escrita), és un llibre curiós de llegir perquè et mostra el Cambridge de principis dels cinquanta. Els laboratoris, la feina, com es feia recerca en aquella època i, entre d’altres coses, viu el descobriment de l’estructura hèlix alfa (de les proteïnes) per part de’n Linus Pauling. En la història que s’hi explica es parla de descobriments que ara se’ns ensenyen a l’institut i la facultat, de les relacions entre els científics de l’època, de les cartes que s’enviaven per discutir diferents temes de la seva recerca,…

És un llibre de lectura senzilla (tot i que admeto que cal un mínim -mooolt poquet!- coneixement per seguir-lo), interessant científicament però també molt curiós des del punt de vista històric.

L’Agaricus bisporus és el “xampinyó comú”, el que més es cultiva i més es menja. Mai se li han assignat propietats nutritives especials, res que el convertís en un aliment funcional. En canvi, altres espècies de xampinyó comercialitzades sobretot al Japó, gaudeixen de gran històries com a aliments sans, que van bé pel sistema immune, contra el càncer,… naturalment, són molt més cars i apreciats que el pobre A. bisporus.

Article complet: Xampinyons antioxidants (i no ho sabíem!)

Next Page »