Avui, en Pere (un company de feina) i jo hem fet una proposta als nostres respectius directors de tesi: comprar una PS3. Han acceptat!

M’explico. Ara fa uns mesos en parlava, cada vegada fan jocs per consola “més reals”, millors gràfics, més qualitat,… però són millores que demanen gran capacitat a la màquina on es juga. Les videoconsoles són cada vegada més potents. Una d’elles és la Play Station 3 (PS3), de la japonesa Sony.

En el meu escrit que cito més amunt parlava d’un projecte dut a terme al grup de l’IMIM amb el que col·laboro, el del Dr. Jordi Villà-Freixa. El projecte, que fa ja mesos que està en marxa, proposa fer ús de les hores mortes de les PS3, quan no juguis, cedeix la teva màquina a la ciència. De moment el projecte funciona i des de fa pocs mesos s’ha obert al públic.

Ara, el que farem els grups de Química computacional de l’ICIQ (croncretament en Pere i jo) és quelcom diferent. Aprofita igualment la potència de càlcul d’aquest aparell però, ara, com a substitut dels ordinadors. En el món de la química teòrica el nostre laboratori és una “sala de màquines”, un cluster d’ordinadors que es passen el dia treballant per nosaltres. El processador que porta la PS3 pot esdevenir molt més potent que un d’aquests ordinadors, la cosa està en aprofitar aquesta potència de càlcul. Una video-consola és força més econòmica que un qualsevol dels ordinadors que tenim al clúster, però a la vegada pot ser molt més potent. Suposo que és fàcil veure on hi ha el “negoci”.

Les PS3 són una “manera barata” (uns 599 euros, a Europa) d’aconseguir un aparell que porti un Cell processor, un invent d’IBM que ja s’està provant al Mare Nostrum. la idea del “projecte” que ben aviat començarem és, bàsicament, provar de fer anar el programari que fem servir normalment en una d’aquestes màquines. Primer ens caldrà instal·lar-hi alguna distribució de Linux (n’hi de fetes expressament per aquest aparell), i després començar a jugar amb el programari. Caldrà veure si el podem compil·lar, si funciona, el rendiment,… Tenim un anyet per aportar algun resultat, sinó, la joia de Sony es quedarà com a simple estació de treball (que tampoc està malament).

D’aquí uns dies se celebra a Amsterdam el congrés DFT 2007. Un company del despatx, que hi va, ens ha passat un enllaç força interessant. La cançó del congrés, tot un homenatge a aquest popular mètode de la química teòrica, amb un toc de friquisme que caracteritza la nostra feina.

It doesn’t really matter if you’re black or white
To join the DFT family
You might even be an experimentalist
As long as you love the density

DFT 2007
Thank you mr. Kohn and Sham
DFT 2007
Welcome to Amsterdam

What makes you more happy than an orbital
What is more fascinating than a functional
We like to exchange and correlate a lot
and we really get excited by a potential plot

Come on everybody let us do some great science
Share our findings for others to benefit from
We all know its our destiny
To make a better world with DFT

Aquí teniu l’mp3.

Les publicacions científiques quasi mai tenen un sol autor. El més normal és que aquests tipus d’articles estiguin signats per les persones que han participat en el projecte, el grup i col·laboradors. A vegades però, hi ha molts col·laboradors i la llista de coautors és moooolt llagra (com a exemple tenim els dos articles, publicats el 2001 a Nature ¹ i Science ² , que anunciaven la codificació del genoma humà). Fa temps vaig veure un acudit gràfic sobre els coautors…

Avui he vist publicat un article sobre la interpretació del genoma ³ (en parlaré en un altre escrit), el signa el ENCODE Project Consortium. Al final de l’article, la llista d’autors… no els he contat un a un, però, si no hi ha un mínim de 80 noms, no n’hi ha cap. No em sembla malament ja que cal tenir en compte la gent que ha treballat en el projecte (tot i que si burxessim una mica segur que trobaríem infinitat de “noms polítics” i “jefes de butaca”, però això ara no toca). El que em pregunto però és, com carai s’ho fan per escriure un article amb tal nombre de coautors? Cal felicitar a la persona que realment ho fa.

1 -International Human Genome Sequencing Consortium, Nature 409, 860-921 (2001)
2 -Venter, J. C. et al., Science 291, 1304 – 1351 (2001)
3 -ENCODE Project Consortium, Nature 447, 799-816 (2007)

La marihuana, cànem, maria,… Cannabis sativa és una d’aquelles plantes destinades a tenir mil-i-un usos. Des de el seu ús com a fibra tèxtil, fins a diferents usos deguts a la seva composició química. Alguns més provats i demostrats científicament que d’altres.

Un estudi recent ¹, publicat per la revista Science, afegeix una nova aplicació als derivats d’aquesta planta: tractament de les al·lèrgies cutànies. El nostre cos, de per sí, fa ús de cannabinoïdes endògens que es vinculen a l’aprenentatge i a les comunicacions entre el sistema inmune i el sistema nerviós. Aquests cannabinoïdes estarien relacionats amb les al·lèrgies, a l’estudi, amb les de pell.

Els experiments han consistit, primerament, en fer rates transgèniques que no expressin les proteïnes que reconèixen els cannabinoïdes endògens, de manera que, tot i que aquests productes són presents a l’organisme, no fan el seu efecte ja que, al no ser reconeguts per les seves proteïnes diana, no activen el sue mecanisme d’actuació. Després, s’han aplicat al·lèrgens a l’orella dels animals, cosa que ha originat la reacció al·lèrgica.

La segona part de la investigació ha consistit en aplicar, de forma exògena, els cannabinoïdes. Aquesta aportació externa de cannabinoïdes ha reduït, en un 50% dels casos, la ferida causada per la reacció desmesurada al contacte amb l’al·lèrgen. Tot i que el mecanisme d’actuació no està enclara clar, se suposa que aquests productes actuen contra l’al·lèrgia blocant les quemoquinones (proteïnes relacionades, entre d’altres coses, amb els processos inflamatoris).

Aquests resultats, segons els mateixos investigadors, no impliquen, per exemple, que, abans de fer servir productes amb níquel (metall molt al·lèrgen i present en molts productes de bijuteria), fumar-se un peta serveixi per eliminar l’al·lèrgia (tot i que potser l’efecte neurològic del producte et fa oblidar l’al·lèrgia…), ja que els experiments han demostrat efecte en aplicacions cutànies.

Aquests resultats obren les portes a futurs tractaments de dermatitis cròniques, i altres afectacions cutànies, actualment tractades amb esteroides i inmunosupresors (els dos amb efectes negatius a llarg termini).

Apa, ja tenim una aplicació més per a aquesta herba.

1-Karsak M., et al. Science, 316 . 1494 – 1497 (2007).

Tafanejant el bloc de la revista Nature he trobat una notícia que m’ha semblat, si més no, curiosa:

It’s a safe bet that most people who take sildenafil — better known under its commercial name, Viagra — aren’t looking for a good night’s rest. But it turns out that the ‘little blue pill’ commonly used to treat erectile dysfunction is also good for relieving some forms of jetlag. Well, at least in hamsters.

Està clar, qui pren Viagra no és pas per que vulgui dormir. Un grup d’investigadors, cronobiòlegs, de la Univesidad Nacional de Quilmes (Argentina) ha simulat, “jugant” amb cicles de llum, el canvi horari d’un vol de Nova York a París. L’experiment s’ha fet injectant sildenafil (el principi actiu del Viagra) a una mostra de hàmsters. Els resultats indiquen que el 50% dels animals tractats han reajustat el seu horari més ràpid que el grup control ¹.

Els primers estudis semblarien indicar que el sildenafil té el mateix mecanisme d’acció tant en el tactament de la impotència com en un suposat tractament contra el jet lag: talla la via de degradació del cGMP afavorint-ne l’acumulació que, en el cas de la disfunció erectil activa la vasodil·latació i en el cas del transtorn horari produïnt canvis en el rellotge intern.

Tot i que estudis previs apuntaven a que un augment de cGMP (com el produït pel sildenafil) afavoreix l’adaptació horària, caldrà veure si això també es dóna en humans. A més a més, aquesta readaptació horaria només funciona quan es viatja d’oest a est, quan es va endavant en el rellotge.

La importància de trobar quelcom per combatre el jet lag rau en el fet que, quan només es pateix de tant en tant, el transtorn no va més enllà d’uns dies d’atontament i mal dormir, però, quan es dóna sovint, pot produïr jet lag crònic, que es relaciona amb un increment de malaltíes cardíaques, diabetis, desenvolupament més ràpid dels tumors i obesitat.

1) Patricia V. Agostino, Santiago A. Plano, and Diego A. Golombek, Proc. Natl. Acad. Sci. 104 (21), 2007

Aquesta nit, quan passin dos minuts i tres segons de la una de la matinada, la convinació de l’hora i la data donarà un resultat curiós…

És una curiositat via Xavi Caballé.

Dies enrere llegia al dip de l’Oriol un enviament on explicava amb quin maquinari/programari treballa. Ell seguia les passes de’n Vicent Partal i en Linus Torvalds.

Doncs bé, com que l’activitat principal que faig amb els ordinadors és calcular, explicaré quin maquinari faig servir per calcular.

Al centre, l’Institut Català d’Investigació Química disposem d’un cluster de 46 PCs, un servidor de disc i un servidor d’entrada des de l’exterior. Els PCs del cluster són pentiums IV a 3GHz i que disposen d’1Mb de caché i 1Gb de memòria RAM. El servidor de disc té un raid d’1Terabyte. El servidor “extern” ens permet connectar-nos a les nostres màquines de càlcul des de l’exterior. Naturalment totes les màquines funcionen amb Linux.

En moments de feina punta o de necessitat de recursos superior fem ús del Centre de Supercomputació de Catalunya, que d’entre d’altres maquines disposa d’un SGI Altix 3700 Bx2 amb 80 processadors Itanium2 a 1,6 GHz.

El programari que acostumo a emprar és el Gaussian 03 i diferents programes de la casa Schrodinger (Jaguar, MacroModel,…). Però de tot això ja en parlaré més endavant.

Les dones i els homes ens diferenciem, a nivell genètic, pels cromosomes X i Y, els cromosomes sexuals. Mentre els homes tenim un de cada, és a dir un cromosoma X i un cromosoma Y, les dones tenen una parella de X, dos cromosomes X. Doncs bé, recentment s’ha publicat a la revista Nature la seqüència del cromosoma X humà (Nature 434, 325 – 337). Aquest cromosoma X té un nombre de gens (1,098) molt superior al cromosoma Y (78) i a la vegada és dels més associats a malalties genètiques.

En les dones no s’expressa sempre la totalitat del codi de la parella X (ja que crearia una gran duplicitat de gens expressats) sinó que normalment un dels dos és, de manera aleatòria, en gran part “silenciat”. Aquesta duplicitat però fa que les dones estiguin més “protegides” que els homes davant de certes malalties derivades del cromosoma X, és a dir, en els homes si un gen determinat del cromosoma X no funciona, no en tenim cap altra còpia mentre que les dones poden recórrer a la segona còpia.

Aquesta duplicitat però fa que, tot i que una de les còpies estigui en gran part silenciada, el codi genètic femení pugui expresar alguns gens més que no pas el masculí, per tant, és una mica més complicat d’estudiar i d’entendre.

�?s la vida… que cadascú en tregui les conclusions que vulgui (sense mals rotllos). :-)