Curiositats


Dies enrere ho vaig llegir al Nature News però fins avui no m’ho he mirat: Google flu trends. Ara Google també pot “predir” els brots de grip. Més que predir, l’eina permet avisar d’on i quan hi ha brots de grip i ho fa mitjançant les cerques de la gent.

Quan hi ha una “passa” de la grip, la gent té més tendència a buscar certes paraules, com ara, grip, antigripal, febre,… la sobreposició d’aquestes cerques amb la informació geogràfica del lloc des d’on es fan (quan es cerca alguna cosa a Google, aquest emmagatzema les paraules cercades i la IP de l’ordinador des d’on es fa la consulta) pot donar idea dels llocs on hi ha grip. Amb això, la gent de Google i Yahoo! han estudiat els brots de grip dels darrers anys (als Estats Units) i han comparat aquesta informació amb les dades que té el CDC d’Atlanta (organisme que controla l’evolució de les malalties). Els resultats han estat sorprenents ja que pràcticament coincideixen.

Els mètodes clàssics de control de brots de malalties es basen en la informació aportada pels diferents centres sanitaris als organismes de control. Això, requereix que passin uns dies abans no es pot declarar un brot en una zona concreta. L’eina de Google és molt més ràpida ja que, pràcticament, pot ser en temps real (la informació que donen avui és de fa tansols dos dies). Seguint amb les comparatives entre Google i CDC, el primer ha anunciat amb deu dies d’antelació, els casos de grip d’enguany.

Aquesta eina no pot substituir, en cap cas, els mètodes clàssics de control de malalties ja que són molt més fiables (recordo que Google flu trends funciona a partir de les cerques que fan els usuaris i usuàries del cercador i són estimacions) però sí que poden ajudar i anticipar la resposta en casos de pandèmies greus.

De moment només està disponible pels Estats Units.


Ahir es va fer públic el Google Street View de Barcelona. És a dir, als mapes de Google (via Google Maps o Google Earth), s’hi han afegit les fotografies dels carrers de Barcelona i alguns municipis del voltant. Això permet moure’s pels carrers de la ciutat amb unes imatges de 360º… t’hi pots passar hores fent el tafaner.

Aquesta vegada però, per evitar problemes de privacitat, totes les cares i matrícules han estat difuminades i, a més a més, pel que he llegit, si algú ho demana, es poden retirar imatges. El difuminat de matrícules és prou potent… tant que, amb algun company de feina hem intentat mirar quin dia estaven fetes algunes fotos (buscant dates en casetes de l’ONCE, diaris,..) i, a tot arreu on hi ha números que podríen ser llegibles, s’hi ha aplicat un difuminat…

Com he dit, et pots passar hores buscant imatges curioses (hi ha diferents recopilatoris per a d’altres ciutats). Aquí hi ha un parell d’imatges on el cotxe es “caça” a ell mateix, en reflexar-se a la façana d’alguns edificis (facultat de biologia de la Pompeu i hospital del Mar).

Apa, ja tenim distracció per les estones de mandreta després de dinar :-)

L’Agaricus bisporus és el “xampinyó comú”, el que més es cultiva i més es menja. Mai se li han assignat propietats nutritives especials, res que el convertís en un aliment funcional. En canvi, altres espècies de xampinyó comercialitzades sobretot al Japó, gaudeixen de gran històries com a aliments sans, que van bé pel sistema immune, contra el càncer,… naturalment, són molt més cars i apreciats que el pobre A. bisporus.

Article complet: Xampinyons antioxidants (i no ho sabíem!)

Prop de San Cristóbal de las Casas, a Chiapas, hi ha un poble anomenat San Juan Chamula. Aquest poble té una sèrie de característiques que el fan especial. Té les seves pròpies lleis, normes de convivència, policia, consell de savis,… en fi, una petita illa al mig del país. Però hi ha un altre fet, que pot semblar curiós, tota la població adulta és intolerant a la lactosa.

Els humans som l’únic animal que hem evolucionat de manera que quan som adults mantenim els enzims necessaris per a assimilar la lactosa. Això permet que, per exemple, mentre escric aquest article, pugui estar prenent un cafè amb llet. De tant en tant podem trobar persones adultes que són intolerants a la llet (a la lactosa de la llet), però és quelcom no massa freqüent.

Llegir més

Bed time entropy, un curiós gràfic que mostra l’evolució de l’entropia del sistema “llit” al llarg de la nit. No malpenseu.

Ahir la tarda vaig acompanyar un company del despatx al BSC, havia de trobar-se amb uns tècnics del Mare Nostrum per a compil·lar i paral·lelitzar un programa que ha de fer servir. Em va dir que si el volia acompanyar per fer el tafaner, hi estava convidat. Vaig anar amb ell.

Primer vam estar una bona estona en una sala de reunions, barallant-nos amb el codi que no es deixava compil·lar però… després… visita a la màquina. N’havia vist moltes fotos però, veure-la a tamany real, impresiona. L’ordinador és dins una caixa de vidre al mig d’una antiga capella readaptada per l’ocasió. Per fer el guiri (entrar-hi a dins només ho fa algun tècnic) i passejar, es pot caminar per un passadís elevat de la capella i per alguna passarel·la que creua la capsa de vidre.

L’ambient és curiós, barreja de passat i futur, astorador. Tenir sota els peus una capsa de vidre que conté més de deu-mil processadors, il·luminat dins la foscor de l’antic temple, torres negres plenes de llums, milers de cables de xarxa,… impresionant.

Ara només espero que algun amic hi trobi feina per poder fer més el tafaner… espavila “M” :-)

Aquesta nit hi ha hagut una explosió a la feina. Quan he arribat he mirat com anaven els càlculs que vaig enviar (posar a la cua de càlcul) ahir la nit. N’hi havia un, una optimització senzilla, que hauria d’haver acabat. En mirar com estava he vist que havia acabat malament. M’he extranyat, com he dit, no havia de tneir cap problema. He obert un programa gràfic per veure l’evolució de l’optimització de la geometria i… fixeu-vos en l’anell de la part superior dreta (una imidazola):

Per algun motiu, part de la gometria se n’ha anat a pendre pel sac. D’aquesta manera no m’ahvia passat mai! Però bé, per sort, això ha passat dins la cpu d’un ordinador i no ha tingut més conseqüències que la pèrdua d’algunes hores de càlcul.

Pel que fa al video, ho sé, pèssima qualitat. He fet un povray de cada cicle d’optimització i els he juntat en un video. Tot plegat amb una resolució que deixa molt que desitjar… és el primer que faig, a veure si més endavant milloro.

Fa uns dies es publicava un article1 on s’anunciava la seqüenciació i anàlisi del genoma de 12 espècies del gènere Drosophila. L’estudi l’ha fet el Drosophila 12 Genomes Consortium, un consorci integrat per més de 100 institucions del món on hi participen diversos grups que treballen a Barcelona. Estudiar, “de cop”, dotze genomes d’un mateix gènere aporta molta informació per veure’n la seva evolució al llarg de quasi cent milions d’anys. Fins ara, de Drosophiles només es tenia seqüenciat el genoma de la Drosophila melanogaster, coneguda com a mosca del vinagre.

Una de les novetats, entre moltes (un article d’aquestes dimensions aporta una quantitat enorme d’informació), és el fet que en una d’aquestes espècies han desaparegut les selenoproteïnes. Es tracta de la Drosophila willistoni, que, al llarg de la seva evolució, ha perdut aquestes peculiars proteïnes. D’aquesta part de l’estudi se n’ha encarregat el grup del Dr. Roderic Guigó, de l’IMIM, concretament, en Charles Chapple, estudiant de doctorat.

Fins al moment, hom es pensava que les selenoproteïnes eren presents en totes les espècies animals i aquest descobrimet aporta molts dubtes sobre el per que han desaparegut aquestes proteïnes en aquesta espècie, quins canvis fisiològics comporta, quines proteïnes en supleixen la mancança,…

Detectar la presència de selenoproteïnes en els genomes és complicat ja que aquestes proteïnes no són codificades per un codó en concret sinó que es manifesten quan hi ha un codó aturador seguit d’una seqüència concreta anomenada SECIS. Caldrà anar veient com van els posteriors estudis que es facin amb aquest organisme i en possibles semblances que es puguin trobar en altres espècies.

1. Nature 450: 203-218, 2007

Per estudiar reaccions enzimàtiques fent ús de la química computacional a nivell quàntic, sovint, ens veiem forçats a treballar amb petits models dels centres actius. Treballem amb models de, com a màxim, 150-200 àtoms, en front els milers que hi ha en una proteïna sencera. Al treballar a nivell quàntic, els requeriments de computació són més elevats com més alt sigui el nombre d’àtoms del sistema.

Fent això, passem per alt l’efecte que pot tenir l’entorn proteïc sobre el centre actiu i la reacció que s’hi realitza. Aquest efecte sol ser estèric, és a dir, espaial, i electrostàtic (càrregues positives i negatives). Quan es construeix un model ja es mira de tenir en compte aquests factors però, les limitacions que he esmentat abans són, sovint, les que manen.

Fer créixer un model per tenir més en compte els efectes estèrics implica, si es vol cert realisme, augmentar el nombre d’àtoms del sistema i, per tant, alentir o impossibilitar el càlcul. Ben diferent és el cas de l’efecte electrostàtic, ja que una possible solució pot ser fixar càrregues puntuals a l’espai.

Això és quelcom que, tot i que no sé si algú ho ha provat abans, fa dies que estic posant a prova. La idea és ben senzilla: la proteïna està feta d’aminoàcids, aquests tenen moltes funcions i, una d’elles és aportar una càrrega al sistema. Una càrrega negativa, per exemple, ens estabilitzaria un substrat positiu, i una positiva un de negatiu. Doncs bé, el que faig és, primer buscar els aminoàcids que poden tenir algun tipus de càrrega i que sigui prop del centre actiu, ubico el centre de la càrrega a l’espai i se li donen unes coordenades (xyz). Després hi sobreposo el meu model (amb l’estructura optimitzada prèviament) i faig un càlcul puntual de l’energia del sistema. Aquesta energia és molt irreal ja que sobreposo dues coses fixes que a la realitat es mouen, però, en un cicle catal·lític, tots els punts es comparen entre ells i tenim cancel·lació d’errors.

Sé que això no és cap solució ni he descobert la sopa d’all, però em permet, com a mínim en els meus sistemes, estudiar amb una mica més de realisme què passa dins els meus enzims.

Fa tres dies va fer quinze anys de l’enviament del primer SMS (Short Message Service) entre dos terminals de telefonia mòvil. Ho va fer Riku Pihkonen, un becari de l’empresa Nokia. Si bé el primer sms es va enviar el 23 de juliol del 92, el primer missatge comercial no es va enviar fins el 3 de desembre del mateix any, a través de l’operadora Vodafone.

Els primers gestors d’sms que empraven les companyies estaven preparats per enviar un màxim de deu missatges per segona, en l’actualitat se n’envien, al dia, més de set milions. De fet, moltes operadores tenen gran part dels missatges curts.

Next Page »