Biologia


Logo iMolsPrimera novetat de l’any i és una novetat de les grosses: iMols! iMols és una plataforma de serveis, eines i bases de dades quimio i bioinformàtiques en la que he estat treballant els darrere mesos (bé, podria dir any!). De fet, quan vaig fundar Mind the Byte ja tenia l’eina al cap i l’anava perfilant en la meva imaginació i algun esbós des de feia molt de temps.

Amb iMols, els usuaris poden (concretament, podran, ja que no totes les funcionalitats esta actives) cercar molècules, predir-ne activitats i gestionar quimio i proteoteques, entre moltes altres funcionalitats. En una primera fase, l’eina incorpora només informació provinent d’una base de dades pública però la intenció és anar-la enriquint amb més informació tnat pública (sempre que la lllicència ho permeti), com d’empreses de síntesi, així com la pròpia dels usuaris (aquesta darrera però estarà només disponible per als usuaris que l’hagin afegit).

De moment hem publicat una versió “alpha” gratuïta i de prova ja que som conscients que les funcionalitats de la plataforma són encara un xic limitades i, tot i que hem vetllat per l’estabilitat del sistema i la integritat de les dades que hi ha, és tot just la primera versió d’una eina molt complexa per dins i volem estar segurs que tot funciona bé. D’aquí unes setmanes, quan hi afegim més funcionalitats i en garantim l’estabilitat, oferirem ja versions de pagament.

Podeu accedir a iMols des d’aquí: www.imols.com

Temps enrere em van parlar d’un vi que feien a la Toscana, a Itàlia. Aquest vi tenia la peculiaritat que era “ecològic”, fet a partir de vinyes que no havien rebut cap tipus de tractament químic. A banda, pel que em van dir, el vi era molt bo. Fins aquí perfecte. Els productors però estaven buscant gent que comercialitzés el seu vi més enllà de la Toscana i d’Itàlia.

La meva pregunta-reflexió, un vi fet de manera ecològica a la Toscana però que es ven a Catalunya, es pot considerar realment ecològic? Sí, el producte serà fet a partir de raïm que no ha rebut cap mena de tractament químic però, per dur-lo fins aquí, ha calgut un llarg viatge que porta implícit un cert nivell de contaminació.

El mateix vaig pensar ara fa uns dies, llegint un article al diari que parlava de la taxa que han de pagar els productors catalans per obtenir el segell de “producte ecològic”. Els productors es queixen de l’import de la taxa, que encareix el producte final i que, degut a això, hi ha, al mercat català, una gran entrada de productes ecològics que venen de diferents parts de l’Estat Espanyol i d’Europa. No vull entrar a parlar d’aquesta tasca, sinó de la mateixa reflexió que he fet amb el vi. Unes maduixes cultivades de manera ecològica a Huelva, per dir algun lloc, es poden considerar ecològiques si es venen a Girona?

Tant en el cas del vi com de l’exemple de les maduixes, crec que estem parlant de productes lliures de pesticides, però no ecològics. Per què? doncs perquè al meu entendre, un producte ecològic ho hauria de ser en tots els sentits. No s’hi val a conrear sense pesticides i després contaminar amb un transport. Per mi, un producte ecològic és aquell que s’ha produït de manera ecològica i es consumeix el més a prop possible del lloc de producció. Sinó, ens estem carregant l’ecologia amb el transport.

Avui és un bon dia per la ciència del país. Avui s’inaugura el Sincrotró Alba, instal·lat a Cerdanyola del Vallès. El sincrotró per si mateix ja és notícia, és la primera instal·lació científica d’aquesta magnitut que tenim a casa. Però, a més a més, l’entramat de recerca público-privada que es crearà al voltant de la instal·lació és del tot prometedor.

Avui és un bon dia, és un pas més per apostar per la ciència, per sociabilitzar la recerca i fer-la més propera a la gent.

A finals del mes passat va saltar l’alarma. Venia de Mèxic i ens deia que hi havia molts morts (i encara més malalts) afectats per una nova grip, la grip porcina. De seguida van aparèixer casos als Estats Units i al Canadà, poc després a l’Estat Espanyol i així, mica en mica, anàven apareixent nous casos de la malaltia arreu del planeta.

La grip procina, coneguda com a grip A(H1N1) arreu del món i com a grip nova a l’Estat Espanyol, era una mutació del virus de la grip que afecta als porcs. El nou virus però, podia afectar persones i a la vegada hi havia indicis que la mutació havia dotat al virus de la capacitat de transmetre’s entre persones. Així doncs, hi havia indicis clars de perill de pandèmia: un nou virus contra el que no estem preparats i que, a més a més, s’encomana entre persones (cal recordar que la grip aviar, tot i ser en humans molt més virulenta, no s’encomanava entre persones).

De seguida es va procedir a aïllar als malalts que presentaven símptomes de grip i que o bé havien viatjat a Mèxic o havien estat en contacte amb persones que sí que hi havien viatjat. Paral·lelament, seguint els protocols establers, l’OMS va anar elevant el risc de pandèmia fins al nivell 5, el de pandèmia imminent, en el que ens trobem ara.

La cosa sembla que, més o menys, s’ha controlat. Seguim en el nivell 5 de pandèmia, però el virus sembla ser molt menys virulent del que es temia i el nombre de nous casos no augmenta al ritme dels primers dies. Segurament hi acabarà havent una pandèmia però l’afectació serà com a molt, com la grip estacional.

A la que la cosa s’ha calmat una mica però, ja hi ha les veus que anuncien que se n’ha fet un gra massa, que tot plegat és només un muntatge per despistar de la crisi, per blocar les exportacions de carn de porc d’alguns països,… ja no entro a valorar les diferents teories conspiradores sobre l’origen del virus.

El que sí que voldria fer són algunes reflexions sobre la situació. Primer de tot, no crec que se n’hagi fet un gra massa, com a mínim, des de l’OMS: hi ha uns protocols clars i públics que indiquen quan i com s’han de delcarar els diferents nivells de risc de pandèmia i què cal fer quan es passa d’un nivell a l’altre. En segon lloc, estem parlant d’un virus nou, els virus són patògens altament mutables i que a vegades costa de predir què faran i com aniran. És molt difícil saber com reaccionarà el cos humà davant d’un nou patogen i, és més, qui sap si en plena expansió, un nou virus que sembla poc greu, fa una nova mutació i es torna més virulent?

Així doncs, trobo ben normal que en aquests casos s’aïllin els malalts, les autoritats sanitàries es posin en contacte amb les persones que han estat en contacte amb un cas confirmat,… No podríem pensar que, potser, si la cosa no ha anat més enllà és perquè s’ha actuat com cal?

La setmana passada vaig estar de congrés. Vaig assistir al “27th Noordwijkerhout-Camerino-Cyprus Symposium, Trends in drug research”. Era el meu primer congrés com a post-doc i, per tant, la primera vegada que assistia a un congrés de química mèdica. El congrés en general em va agradar, vaig aprendre (com dic, era el primer congrés del tema al que anava) però em va decebre el poc intercanvi de coneixement que hi va haver.

M’explico. Fins ara, els congressos als que he anat, a gent, en fer una xerrada exposava un problema, explicava amb força detall la metodologia emprada per abordar-lo i, finalment, mosatrava uns resultats i conclusions. En el congrés de la setmana passada, en general, no va ser així. En la majoria de xerrades se’ns exposava un problema, una caixa negra el resolia i al final, se’ns mostraven uns resultats i unes conclusions. I, a més a més, sovint, sense massa detalls per qüestions de “propietat intel·lectual”.

El per què? doncs, perquè la majoria de xerrades la feien laboratoris farmacèutics. I és aquí on rau el problema. Entenc que en aquests tiups de congressos hi ha d’haver presència de la indústria, em sembla bé i tot! també puc arribar a entendre que, quan un laboratori fa una xerrada, no expliqui tots els detalls. Però, el que ja no entenc és com pot ser que en un congrés, la gran majoria de xerrades les facin laboratoris farmacèutics i que, per tant, el nivell d’intercanvi de coneixement sigui tant baix.

Això és el que m’ha falalt d’aquest congrés. Com en molts congressos, hi havia expositors de diferents laboratoris i empreses, cosa que em sembla bé ja que són patrocinadors. Però, d’aquests expositors, tots, van xerrar (això ja em sona a “si pagues per un expositor, podràs xerrar”), però, a més a més, hi havia patrocinadors dels que… tots, també van xerrar.

Tinc la sensació que, qui ha xerrat ha estat perquè ha pagat. La gran majoria de xerrades eren d’empreses i, per tant, explicàven ben poc. I, de les poques universitats que han xerrat, quasi totes han mostrat resultats de col·laboracions fetes amb els laboratoris i on molts detalls no eren explicats per “no violar la propietat intel·lectual”.

Quan pagues per anar a un congrés pots entendre que hi haurà uns patrocinadors, que algunes xerrades les faran ells,… però, a canvi, esperes aprendre, veure coneixement. Aquests dies, he après, no ho nego (com he dit, era el meu primer congrés del tema), però m’he quedat una mica amb la sensació que hem pagat un congrés per anar a una fira de mostres on, tot de comercials encorbatats (sí, la majoria homes i ben “entrajats”), ens expliquin les meravelles que fan les seves empreses, però que ens les expliquin agafant com a exemples antics projectes solucionats per caixes negres.

Crec que és hora d’explicar amb calma i una mica detalladament, amb llenguatge planer, a què em dedico, què faig al laboratori/despatx. Primer però, per posar-nos en situació, començaré parlant de la tesi i miraré d’explicar a què m’he dedicat durant els darrers cinc anys.

El mes d’octubre passat vaig acabar una tesi en química computacional. Què vol dir això? doncs que vaig fer una tesi on aplicava mètodes de la química computacional a resoldre problemes químics o bioquímics reals. Com ho feia? introduint una sèrie de molècules (un fitxer amb coordenades espaials “xyz” de la molècula a estudiar) a l’ordinador que, mitjançant uns determinats programes, obtenia l’estructura molecular de menys energia.

Bé, i què és això de l’estructura molecular de menys energia? una molècula, com tot, tendeix a estar en una forma que impliqui la menor energia possible. Com a exemple, penseu en la cera d’una espelma. Quan tenim l’espelma en forma d’espelma, la cera és sòlida però, si li administrem energia, l’excitem, passarà a una forma de més energia, líquida que, quan es refredi, tornarà a l’estat de menys energia, sòlid (tot i que haurà patit una transformació i tindrà una forma diferent a la inicial). Els programes que he emprat per fer els meus “càlculs” busquen quina estructura molecular té la mínima energia.

I què n’he fet d’aquestes estructures de mínima energia? Estudiar reaccions. Una reacció química és un procés de tres etapes. Es comença amb uns reactius per separat (l’espelma i el foc -sense que hagin entrat en contacte-) i s’acaba amb uns productes (l’espelma ja apagada amb una forma diferent a la inicial). Pel mig hi ha hagut un estat excitat anomenat estat de trancisió (l’espelma cremant). Amb l’ordinador es poden estudiar aquests tres estats d’una reacció i analitzar-la així, amb molt detall.

Els mètodes computacionals, sovint, ajuden a entendre el perquè una reacció té lloc en unes circumstàncies i no en unes altres, a analitzar les diferents vies per les que pot anar una reacció, perquè el producte d’una reacció és diferent a l’esperat,…

Durant la tesi, he aplicat aquests mètodes a entendre diferents sistemes de química orgànica i bioquímica. El protagonista ha estat un aminoàcid anomenat selenocistgeïna, aquest és un aminoàcid peculiar, poc freqüent i present en proteïnes que catal·litzen (controlen) reaccions on hi ha intercanvi d’electrons. Doncs bé, la selenocisteïna és molt similar a un altre aminoàcid anomenat cisteïna, però el primer té seleni on el segon hi té sofre. Aquest apartat de la tesi compara (analitzant totes les etapes d’una reacció catal·litzada per un enzim que conté selenocisteïna) quins avantatges té el seleni en front del sofre. Els resultats que tinc de moment mostren que el sistema amb seleni perd els electrons més fàcilment que no pas el sistema amb sofre.

A banda del tema anterior, col·laborant amb dos grups experimentals (dels que treballen amb tubs d’assaig i provetes), la tesi presenta l’estudi de tres reaccions orgàniques: la síntesi de 4-helicenoquinones, la síntesi de 5-helicenoquinones i l’ús de sals de guanidini com a catal·litzadors. En aquests tres projectes s’ha estudiat el perquè de determinats resultats experimentals, clarificant els processos intermitjos de la reacció i justificant el perquè d’algunes de les característiques dels productes.

En la propera entrega parlaré del que faig actualment a la feina.

La meitat del premi Nobel de medicina d’enguany ha estat pel científic alemany Harald zur Hausen, “pel descobriment que el virus del papiloma humà causa el càncer de coll d’úter”.

Paral·lelament, la companyia sueco-americana AstraZeneca comercialitza, des de fa uns mesos, la vacuna contra aquest virus. A Europa es coneix com a Cerverix i als Estats Units com a Gardasil. A Catalunya, la vacuna s’ha inclòs al calendari de vacunacions.

Així doncs, es pot pensar que aquesta meitat del premi pot afavorir la companyia farmacèutica. Doncs bé, ara s’ha sapigut que fa uns mesos, alguns organismes depenent dels Nobel, van rebre donacions d’aquesta companyia. Ara s’ha obert una investigació criminal sobre el tema per estudiar si aquestes relacions econòmiques poden incórrer en algun delicte de conflicte d’interessos.

A més a més, el possible conflicte d’interessos podria anar més enllà ja que, un dels memebres del jurat, l’investigador de l’Institut Karolinska Bo Angelin, també treballa per la companyia. Un altre membre del comitè dels Nobel de Medicina hauria fet de consultor per la mateixa empresa l’any 2006.

En parlen diferents mitjans:

Caldrà veure com evoluciona el tema, si va més enllà i fins on arriba. Personalment, espero que no passi d’aquí, que, realment, es provi que no hi ha cap relació i que la reputació dels premis no quedi en entredit.

Me’l van regalar ara fa uns dies, per la tesi i… un regal molt encertat! El llibre, escrit per un dels pares de l’estructura de l’ADN, en James Watson, explica, precisament, com van arribar a l’estructura de la doble hèlix.

La història comença amb l’arribada d’en Watson a Europa, com a post-doc, amb una beca del govern dels Estats Units. Va explicant els seus canvis de laboratori, reunions, recerca, gent,… fins arribar a la cursa final per a desxifrar l’estructura de l’ADN, explicant totes les teories i models previs a l’estructura definitiva.

A banda de ser una lectura divulgativa molt interessant (i ben escrita), és un llibre curiós de llegir perquè et mostra el Cambridge de principis dels cinquanta. Els laboratoris, la feina, com es feia recerca en aquella època i, entre d’altres coses, viu el descobriment de l’estructura hèlix alfa (de les proteïnes) per part de’n Linus Pauling. En la història que s’hi explica es parla de descobriments que ara se’ns ensenyen a l’institut i la facultat, de les relacions entre els científics de l’època, de les cartes que s’enviaven per discutir diferents temes de la seva recerca,…

És un llibre de lectura senzilla (tot i que admeto que cal un mínim -mooolt poquet!- coneixement per seguir-lo), interessant científicament però també molt curiós des del punt de vista històric.

Part de la meva tesi són estudis teòrics en models de selenoproteïnes comparades amb models idèntics però sense selenocisteïna (amb cisteïna en el seu lloc). Aquest models tenen, com a àtom central, un metall. Normalment, de fet, pràcticament totes les proteïnes de la família que he estudiat (les formiat deshidrogenases), aquest metall és un àtom de molibdè. Però també n’hi ha alguna que, en comptes de molibdè, té tungstè. Així doncs, he calculat models de les diferents combinacions: seleni+molibdè, sofre+molibdè, seleni+tungstè i sofre+tungstè.

Continua llegint: Tungstè/molibdè, seleni o sofre

La ciència és quelcom exclusiu dels països rics? en certa manera sí. Només quan tens unes necessitats socials mínimes cobertes, decideixes invertir en ciència. La ciència és cara i, si en països com el nostre no hi ha una aposta clara de les institucions per la recerca, encara n’hi haurà menys en països on els recursos són més limitats.

Article complet: Ciència i desenvolupament. Un cas pràctic: Cuba

Next Page »