Ciència


Logo iMolsPrimera novetat de l’any i és una novetat de les grosses: iMols! iMols és una plataforma de serveis, eines i bases de dades quimio i bioinformàtiques en la que he estat treballant els darrere mesos (bé, podria dir any!). De fet, quan vaig fundar Mind the Byte ja tenia l’eina al cap i l’anava perfilant en la meva imaginació i algun esbós des de feia molt de temps.

Amb iMols, els usuaris poden (concretament, podran, ja que no totes les funcionalitats esta actives) cercar molècules, predir-ne activitats i gestionar quimio i proteoteques, entre moltes altres funcionalitats. En una primera fase, l’eina incorpora només informació provinent d’una base de dades pública però la intenció és anar-la enriquint amb més informació tnat pública (sempre que la lllicència ho permeti), com d’empreses de síntesi, així com la pròpia dels usuaris (aquesta darrera però estarà només disponible per als usuaris que l’hagin afegit).

De moment hem publicat una versió “alpha” gratuïta i de prova ja que som conscients que les funcionalitats de la plataforma són encara un xic limitades i, tot i que hem vetllat per l’estabilitat del sistema i la integritat de les dades que hi ha, és tot just la primera versió d’una eina molt complexa per dins i volem estar segurs que tot funciona bé. D’aquí unes setmanes, quan hi afegim més funcionalitats i en garantim l’estabilitat, oferirem ja versions de pagament.

Podeu accedir a iMols des d’aquí: www.imols.com

Avui és 31 de desembre, s’acaba l’any 2010 i d’aquí unes hores comença el 2011. Arribats a aquest punt, toca fer balanç de l’any que es deixa i fer promeses per l’any que es començarà. L’any no puc dir que hagi anat pas malament. Una mica massa intens, això sí! però no ha anat malament. L’Aniol ens fa adonar que el temps vola: fa un any era un nadó que bàsicamet menjava i dormia i ara pràcticament ja camina. El temps vola i cal aprofitar-lo.

Avui però, com m’ha dit un amic meu via Twitter, no celebraré només el canvi d’any. Avui és especial. Deixo enrere una etapa professional i en començo una de nova.

L’1 de desembre de 2003 començava la tesi. Des que havia acabat la carrera que tenia al cap fer quelcom de ciència i ordinadors però no sabia massa ni com ni on. Vaig començar un projecte de tesi que pretenia entendre el perquè la natura feia servir un aminoàcid especial. Per mi era quelcom totalment nou, havia fet algun curs de bioinformàtica, coneixia algunes eines per analitzar DNA, però allò de poder entendre una reacció química gràcies a un ordinador m’era un xic estrany. Ara no sé entendre moltes coses sense aquestes eines.

Quasi cinc anys després, l’octubre de 2008 defensava la tesi i obtenia el títol de doctor. Va ser un dia que recordo ple de nervis però també un dels moments més emotius i especials que he viscut. Sinó fos perquè és una feina feixuga i llarga que demana quelcom més que paciència, ho recomanaria a tothom.

Amb la tesi a la butxaca vaig començar el post-doc. Canviava de tema, seguia amb la química i els ordinadors però ara no pretenia entendre com influia un electró en una reacció. M’he dedicat a la quimiogenòmica. Programar scripts per manipular molècules, predir-ne les activitats, manipular quantitats ingents de dades,…

Tot i que seguiré vinculat com a col·laborador a l’IMIM, on he fet el post-doc, avui començo una nova etapa. Serà la primera vegada en que acabo una feina sense tenir un contracte a punt de signar per començar-ne una de nova. És hora d’engegar un nou projecte, de seguir fent recerca però des d’un altre angle, aprofitaré tot el coneixement que hagi pogut adquirir durant aquests anys per a tira-lo endavant. Amb un bon amic i antic company de feina hem estat temps pensant el què i el com. Els darrers mesos hi he estat dedicant estones, mirant de compaginar-ho amb la feina i el fer de pare. A partir d’ara m’hi dedicaré plenament.

És emocionant. No sabem com anirà però provar-ho de ben segur que valdrà la pena. Així que, fent-me meu (i modificant una mica) el lema d’un nou diari: el meu futur comença ara.

A la feina em queden una mica més de dos mesos de contracte. Hauré estat dos anys i quatre mesos fent de post-doc. Crec que je après força, gestió, programació i tècniques computacionals molt interessantas.

Fa temps que tinc al cap un projecte de “ciència 2.0″. Parlant amb un amic meu, el projecte ha derivat en quelcom més gran. I, si és mínimament viable, el tiraré endavant. De ganes i il·lusió, no en sobren.

Per què ho vull fer? Perquè hi crec. I perquè tinc idees i les vull posar a la pràctica. Perquè no vull que tot passi i ja està. Faig recerca, i en seguiré fent!, però sóc un cul inquiet, el meu cap no para. No vull dir que tot el que se m’acudeixi sigui materialitzable o viable però, en present i passat, he tingut idees-projecte (moltes de les quals ni les he comentat amb ningú) que, per mandra o desídia (o, simplement, manca de temps) no he fet i després me n’he penedit.

Alguns exemples? N’hi algun de “fantasma”, i algun de més real. Dels primers n’hi ha dos que fan certa ràbia (tampoc sé què hagués passat si els hagués fet). L’any 2003, amb un amic vam començar a desenvolupar el que seria l’embrió de les actuals xarxes socials. Aquell web era concretament, per fer xarxes d’intercanvis de cases, els usuaris oferien espai a casa seva i, a canvi, podrien accedir als espais dels seus amics i dels amics dels seus amics, era una manera de viatjar amb l’allotjament gratuït. No ho vam fer i ara tenim el Facebook i infinitat de xarxes socials. Temps després, el 19 de novembre de 2006, l’Oriol Morell va anunciar al seu bloc la creació d’una “categoria” miniposts. Pel meu cap de seguida va córrer la idea de fer quelcom similar però a l’estil blogger o wordpress, obrir un servei perquè la gent que en fos usuària pogués escriure això, miniposts. En fi, no cal que digui a què s’assembla.

Darrerament n’hi ha hagut un de més real, de més de tocar de peus a terra. La “materialització” l’ha fet Invitrogen i es diu Invitrogen-Select, el producte llegeix l’RSS d’algunes fonts científiques i les mostra als usuaris en funció d’unes paraules clau. En fi, no és exactament el que volia fer però, m’han passat al davant.

No sé què passarà d’aquí uns mesos, però, mentre ho intentem, disfrutarem!

Temps enrere em van parlar d’un vi que feien a la Toscana, a Itàlia. Aquest vi tenia la peculiaritat que era “ecològic”, fet a partir de vinyes que no havien rebut cap tipus de tractament químic. A banda, pel que em van dir, el vi era molt bo. Fins aquí perfecte. Els productors però estaven buscant gent que comercialitzés el seu vi més enllà de la Toscana i d’Itàlia.

La meva pregunta-reflexió, un vi fet de manera ecològica a la Toscana però que es ven a Catalunya, es pot considerar realment ecològic? Sí, el producte serà fet a partir de raïm que no ha rebut cap mena de tractament químic però, per dur-lo fins aquí, ha calgut un llarg viatge que porta implícit un cert nivell de contaminació.

El mateix vaig pensar ara fa uns dies, llegint un article al diari que parlava de la taxa que han de pagar els productors catalans per obtenir el segell de “producte ecològic”. Els productors es queixen de l’import de la taxa, que encareix el producte final i que, degut a això, hi ha, al mercat català, una gran entrada de productes ecològics que venen de diferents parts de l’Estat Espanyol i d’Europa. No vull entrar a parlar d’aquesta tasca, sinó de la mateixa reflexió que he fet amb el vi. Unes maduixes cultivades de manera ecològica a Huelva, per dir algun lloc, es poden considerar ecològiques si es venen a Girona?

Tant en el cas del vi com de l’exemple de les maduixes, crec que estem parlant de productes lliures de pesticides, però no ecològics. Per què? doncs perquè al meu entendre, un producte ecològic ho hauria de ser en tots els sentits. No s’hi val a conrear sense pesticides i després contaminar amb un transport. Per mi, un producte ecològic és aquell que s’ha produït de manera ecològica i es consumeix el més a prop possible del lloc de producció. Sinó, ens estem carregant l’ecologia amb el transport.

Avui és un bon dia per la ciència del país. Avui s’inaugura el Sincrotró Alba, instal·lat a Cerdanyola del Vallès. El sincrotró per si mateix ja és notícia, és la primera instal·lació científica d’aquesta magnitut que tenim a casa. Però, a més a més, l’entramat de recerca público-privada que es crearà al voltant de la instal·lació és del tot prometedor.

Avui és un bon dia, és un pas més per apostar per la ciència, per sociabilitzar la recerca i fer-la més propera a la gent.

Un any més arriba l’1 de desembre, el dia internacional de lluita contra la SIDA. Aquest matí he estat escoltant la ràdio una estona i ens han enriquit amb tot de dades interessants sobre la incidència de la malaltia a casa nostra. Han parlat del nombre de contagis (que sembla ser que és prou estable), dels tipus de relacions en les que hi ha més contagis,… però crec que no han parlat de les morts que provoca la malaltia. I, de fet, per què n’havien de parlar? aquí pràcticament es pot parlar de SIDA com a una malaltia crònica que mata només quan no hi ha tractament o quan hi ha alguna altra patologia seriosa que complica la salut del pacient.

M’alegro que s’hagi arribat a cronificar una malaltia tant seriosa, greu i important com a aquesta. Però m’entristeix que això només passi a aquí (al nord), a on la gent pot accedir a un tractament amb antiretrovirals sense cap mena de problema ni, pràcticament, cost (a Europa). La majoria de la població mundial però no pot pensar en aquesta malaltia com a quelcom crònic i banal. Per desgràcia, la malaltia causa estralls en aquells països on no es pot accedir al tractament amb tanta facilitat. En aquests països, aquesta patologia (crònica per a nosaltres) implica un fort cop econòmic, un pal a la roda en el seu desenvolupament, una gran llosa per les generacions que han de ser el futur.

I, el pitjor de tot és que, si aquí l’hem fet crònica, vol dir que hi ha un tractament, que hi ha una solució. Però és una solució discriminatòria. Una solució que no arriba a tot arreu i que merma i estronca el desenvolupament de moltes regions del planeta.

Em sembla molt bé que l’1 de desembre serveixi per recordar dades i pensar, ni que sigui per uns minuts, en la malaltia. Però crec que s’hauria de donar un tomb a la diada, un tomb reivindicatiu per a exigir que si hi ha una solcuió a un problema tant greu, aquesta arribi a tothom i a tot arreu.

Ara fa quasi un any, en motiu de La Marató de TV3, parlava de la filantropia a casa nostra i em queixava del poc introduïda que tenim aquí la figura del mecenatge científic. És cert, no estem ni a l’alçada d’Europa i, ni molt menys, dels Estats Units. Estem massa acostumats a viure del poder públic i a que l’Estat (o Generalitat) treballi per nosaltres.

Aques matí però, he llegit un escrit a al bloc del Prof. Enric Canela que m’ha sorprès: El mecenatge per a la recerca comença a créixer. En aquest escrit parla d’un article aparegut a La Vanguardia d’ahir en que expliquen que el mecenatge a casa nostra ha passat dels 4.2 milions d’euros el 2005 als 17.9 del 2009.

Tal com diu, encara estem per sota de molts països europeus però és una noticia que m’ha sorprès i m’ha alegrat.

Avui, tot escoltant la ràdio, he sentit una noticia relacionada amb la cimera pel canvi climàtic que es fa aquests dies a Barcelona que m’ha cridat l’atenció. La noticia feia referència als costos en salut que suposarà el canvi climàtic i es referia a l’augment de malalties concretes en zones no endèmiques (en zones on no són freqüents).

Fa temps que es parla dels canvis en les malalties degut als canvis climàtics, un exemple és la presència de malària en altiplans africans on abans no n’hi havia. Això és degut a que fins ara, el vector que transmetia la malària no podia viure en aquestes zones degut a les condicions ambientals (més fredes) però ara, amb un lleuger escalfament, ja s’hi pot desenvolupar sense problemes. Però això és a l’Àfrica i ens queda massa lluny. Tenim algun projecte que estudia les evolucions de malalties com la malària en funció del clima i la població, però ben poqueta cosa.

Però bé, si el clima canvia, les temperatures pugen i, si això li sumem el fet que cada vegada ens movem més i que visitem llocs remots i llunyans, fa que, malalties no endèmiques de zones “riques”, ens puguin portar algun problema. Només cal recordar els mals de cap del mosquit tigre (Aedes albopictus),i això que a casa nostra “només” ens molesta la picada!

Ara comencem a parlar dels costos en salut que ens pot comportar el canvi climàtic. Ara. Aquí, als “països enriquits” tenim sort de tenir maneres d’afrontar aquests costos. Però fa anys que hi ha gent que els pateix i no tenen més remei que conviure amb ells. “Oblidem” aquestes malalties, res, són coses de l’Àfrica i ens queda molt lluny! però quan ens afectin, segur que començarem a veure patents de nous medicaments (que la gent del sud tampoc podrà adquirir), i hi sabrem posar solucions. I doncs, per què no ens hi posem ja?

La Marató de TV3 d’enguany està dedicada a les malalties rares, malalties que, a l’afectar una minoria de la població, no reben l’atenció ni tenen els tractaments que tenen les malalties “rentables”.

Aquestes malalties afecten una proporció molt baixa de població i això fa que no siguin “rentables” per als laboratoris farmacèutis que, desenganyem-nos, són, per norma general, els encarregats de llançar nous fàrmacs i/o tractaments al mercat. I, per tant, aquestes empreses es mouen per les regles del mercat i, on no hi ha diners, no hi inverteixen. Aquestes malalties, tot sovint, no són prou rentables i, per tant, no disposen ni de la recerca ni dels tractaments que tenen d’altres malalties. Em sona (i ara ho dic de cap) que algunes administracions donen algun tipus d’ajuda a les indústries que desenvolupen tractaments per a aquestes malalties, però, en molts casos, la recerca bàsica està encara massa endarrerida.

Hi ha però grups de recerca, tot sovint bàsica, que es dediquen a estudiar aquestes patologies, també hi ha grups de metges que miren d’identificar diferents casos i fer-ne un seguiment. I felicito tota aquesta gent, treballar en “coses” minoritaries no sempre és fàcil. I, per això m’alegro que la Marató d’enguany estigui dedicada a aquestes patologies.

Hi ha però, un altre grup de malalties “no rentables” i, en aquest cas, no són ni molt menys rares ni minoritàries: les malalties oblidades. Malalties que afecten milions de persones arreu del món però que, per desgràcia, són persones que no poden accedir a cap tractament, que no tenen poder adquisitiu per adquirir un hipotètic tractament i que, per tant, no interessen a aquells que busquen el negoci en el disseny de fàrmacs.

Com he dit, m’alegro que la Marató d’enguany tracti les malalties rares però em faria il·lusió i m’agradaria veure, en un futur, una Marató dedicada a les malalties oblidades.

La malalties oblidades, bàsicament tropicals, no són rentables. Afecten a milions de persones però, tot i així, hi ha escassos i antics (sovint, amb molts efectes secundaris) tractaments. Això és bàsicament perquè aquestes malalties afecten a països, a població, amb pocs recursos i, per tant, un laboratori que desenvolupi i comercialitzi un medicament per a aquesta població, rarament obtindrà els escandalosos beneficis que obté produïnt un comprimit contra la caiguda del cabell.

Això fa que, aquestes malalties tinguin, com he dit, escassos tractaments, antics i amb greus efectes secundaris. Si bé és cert que hi ha grups de recerca, tot i que són minoria, que poden fer recerca bàsica amb aquestes malalties, aquests grups no tenen, ni de bon tros, els recursos necessaris per engegar tots els engranatges necessaris per a desenvolupar un nou medicament.

Avui, fent una mica de bibliografia he trobat un article a PLoS Neglected Tropical Diseases, de finals d’agost que parla dels avenços en el desenvolupament de fàrmacs per a aquestes malalties. La lectura, llarga però interessant, resumeix el que s’ha fet i s’està fent en el desenvolupament de fàrmacs per aquestes malalties.

Next Page »