Per estudiar reaccions enzimàtiques fent ús de la química computacional a nivell quàntic, sovint, ens veiem forçats a treballar amb petits models dels centres actius. Treballem amb models de, com a màxim, 150-200 àtoms, en front els milers que hi ha en una proteïna sencera. Al treballar a nivell quàntic, els requeriments de computació són més elevats com més alt sigui el nombre d’àtoms del sistema.

Fent això, passem per alt l’efecte que pot tenir l’entorn proteïc sobre el centre actiu i la reacció que s’hi realitza. Aquest efecte sol ser estèric, és a dir, espaial, i electrostàtic (càrregues positives i negatives). Quan es construeix un model ja es mira de tenir en compte aquests factors però, les limitacions que he esmentat abans són, sovint, les que manen.

Fer créixer un model per tenir més en compte els efectes estèrics implica, si es vol cert realisme, augmentar el nombre d’àtoms del sistema i, per tant, alentir o impossibilitar el càlcul. Ben diferent és el cas de l’efecte electrostàtic, ja que una possible solució pot ser fixar càrregues puntuals a l’espai.

Això és quelcom que, tot i que no sé si algú ho ha provat abans, fa dies que estic posant a prova. La idea és ben senzilla: la proteïna està feta d’aminoàcids, aquests tenen moltes funcions i, una d’elles és aportar una càrrega al sistema. Una càrrega negativa, per exemple, ens estabilitzaria un substrat positiu, i una positiva un de negatiu. Doncs bé, el que faig és, primer buscar els aminoàcids que poden tenir algun tipus de càrrega i que sigui prop del centre actiu, ubico el centre de la càrrega a l’espai i se li donen unes coordenades (xyz). Després hi sobreposo el meu model (amb l’estructura optimitzada prèviament) i faig un càlcul puntual de l’energia del sistema. Aquesta energia és molt irreal ja que sobreposo dues coses fixes que a la realitat es mouen, però, en un cicle catal·lític, tots els punts es comparen entre ells i tenim cancel·lació d’errors.

Sé que això no és cap solució ni he descobert la sopa d’all, però em permet, com a mínim en els meus sistemes, estudiar amb una mica més de realisme què passa dins els meus enzims.

Fa dos dies, un esboranc a Bellvitge provocava importants endarreriments a la xarxa de rodalia i mitja distància de Renfe. Els trens a l’aeroport no circulaven. Els regionals sortien quan volíen, els de rodalia igual. La gent va arribar tard a la feina. I així… un llarg etcètera. Un esboranc. Un tren espatllat. Una catenària,…

RENFE i els govern ecspanol es justifiquen dient que estan millorant el servei, que d’aquí un temps, quan s’acabin les obres del TGV, tindrem la millor xarxa ferroviària i que, de moment, tornen diners els dies que falla. En primer lloc, ja em direu què té a veure el TGV amb els trens que s’espatllen, les catenàries que cauen, les vies de fa dècades,… En segon lloc, això de la tornada de diners és simplement maquillatge, sóc usuari de Regionals i encara no he vist un duro.

I, per acabar… poden tornar diners als usuaris, fer promeses inútils,… però, qui pagarà les pèrdues que generaran la mala imatge que donem a la gent de fora que vol anar o venir de l’aeroport? qui pagarà les pèrdues d’hores laborals que provoquen aquests endarreriments? qui? qui ho pagarà tot això?

Suposo que nosaltres, com sempre.

Les darreres setmanes han estat plujoses. Han caigut aiguats forts, grans quantitats d’aigua, dies de xim-xim,… ja va bé! Portem temps de sequera i una mica d’aigua no va gens malament. La sequera dels darrers mesos ha deixat els nostres embassaments a nivells molt baixos. Segons ens diuen els polítics, si no disminuim el consum d’aigua, caldrà fer restriccions.

Darrerament ha plogut força, podem respirar, ja, tranquils? No. L’aigua caiguda és molt bona però, al caure pràcticament només al litoral, no serveix per omplir els embassaments. Per omplir els reservoris d’aigua del país caldrien pluges a les capçaleres dels rius (i que ara que ve l’hivern caigui força neu, que serà aigua a la primavera!). Els diferents serveis metereològics, així com els polítics de torn ens avisen que les pluges caigudes no milloren la situació hídrica del país i que el nivell dels embassaments segueix baixant.

És cert, si només plou al litoral, els embassaments no reben aigua. Però, algú s’ha parat a pensar que, si bé amb els aiguats al litoral no podem augmentar el nivell dels nostres embassaments sí que podem fer que aquest disminueixi menys? algun d’aquests polítics alarmants s’ha parat a pensar que si plou no cal engegar els sistemes de rec, que no cal regar la gespa,…?

Cal mullar sobre mullat? això sí, mentre cada dia veig com la Rambla nova de Tarragona la gespa (i l’asfalt) es rega, al meu centre de treball (públic) els aspersos no paren,… els ciutadans hem d’estalviar!

Quan plou, no cal regar! i, no regar, ens ajuda a estalviar una mica d’aigua.

En Rajoy, Caudillo por un día, ens demana que els espanyols (molts a la força) demostrem què sentim per Espana. Segur, Mariano? després no et queixis si canviem Sant Joan per la hispanidad :-)

També, en aquest discurs de Nadal en ple octubre, ens demana que fem algun gest que demostri allò que duem al cor, que ho fem sols (aburrit i cansat), en familia, al carrer o a casa… bé, una bona manera d’estimular la natalitat.

Gràcies Marianu! què fariem sense tu?

Ara fa cosa d’un any, un article d’Antonio/Antoni Robles/Roures, mebre de Ciutadans/Ciudadanos -/- partit/partido de la/de la ciutadania/ciudadanía, en un diari neofatxa episcopal explicava a l’Estat espanol que les incidències al servei de RENFE a Catalunya (RENFE no només és Rodalia *), eren un invent dels nacionalistes per justificar transferències i similars. La pluja de crítiques per part de víctimes i damnificats de RENFE va provocar que poc després “rectifiqués”, i expliqués que les incidències no eren un invent però eren aprofitades pels nacionalismes. En fi, tot sempre és culpa dels nacionalistes, catalans, és clar.

Des d’aleshores, escasses vegades he trobat notícies sobre el caos de RENFE a Catalunya en diaris d’àmbit espanol. I, sovint, aquestes notícies acabaven girant entorn les injustificades reivindicacions que fem els nacionalistes catalans.

Avui, llegint una noticia de El País en que esparla d’una incidència a la C3 de Rodalies i de la caiguda del servei d’alertes per sms (això només passa a RENFE), he vist un comentari, simplement, indignant: aquest venia a dir que l’autor no creu en les incidències de RENFE a Catalunya, però sí que creu en els sabotatges que els nacionalistes fem constantment per boicotejar la companyia espanola i justificar trasnferències, revindicar la independència,… en fi, som burros.

Senyors ecspanolets que parleu de sabotatges, aquí, l’únic que boicoteja és Espana i boicoteja a Catalunya, via RENFE. Boicoteja, fent arribar tard la gent a la feina, fent perdre milions a les empreses per aquest motiu, fent-nos agafar el cotxe quan els trens no van, acabant amb la nostra paciència, estafant-nos cobrant per serveis que no compleixen,… en fi, parlo de RENFE però es pot aplicar a AENA, ENDESA, Correos,…

Avui he arribat més de vint minuts tard a la feina per culpa d’aquesta pobra empresa que és víctima dels boicots dels seus clients. Com diria aquell diputat… a la mierda!.

*Rodalia: no sé quina mania en parlar de rodalies, amb s, quan en català és rodalia, sense S.

Ahir es van conèixer els guanyadors del Premi Nobel de medicina d’enguany:

“for their discoveries of principles for introducing specific gene modifications in mice by the use of embryonic stem cells”

El premi es reparteix entre el britànic Sir Martin J. Evans, i els nord-americans Oliver Smithies i Mario R. Capecchi (aquest darrer, d’origen italià).

La possibilitat de modificar gens i, per tant fer animals modificats genèticament és un dels avenços més grans en biotecnologia dels darrers temps. No és un descobriment concret, és una tècnica que obre la porta a molts altres descobriments. Quin efecte pot tenir una proteïna determinada? què passa quan aquesta proteïna pateix una mutació? quins efectes pot tenir una sobreexpresió d’aquesta proteïna?,… infinitat de preguntes com aquesta poden obtenir resposta gràcies a aquesta tècnica.

El treball amb cèl·lules mare té durs opositors, ultraconservadors que consideren que treballar amb cèl·lules mare embrionàries (implica fer ús d’un embrió) és un atemptat contra la vida. Jo em plantejo, què atempta més contra la vida, fer ús d’un embrió per guarir una malaltia d’una persona o no? no treballo en el camp però cada vegada més, estic convençut que moltes malalties fins avui incurables, trobaran remei en aquesta recerca.

A banda, fa una estona s’han conegut els noms dels guanyadors del Nobel de Física d’enguany. El francès Albert Fert i l’alemany Peter Grünberg per:

“for the discovery of Giant Magnetoresistance”

Demà es coneixerà el de química.

Això és el que passa quan et passes de quota de disc al cluster del grup…

[...]
E316: ml_get: cannot find line 33
Hit ENTER or type command to continue
E317: pointer block id wrong
Hit ENTER or type command to continue
E316: ml_get: cannot find line 34
Hit ENTER or type command to continue
E317: pointer block id wrong
Hit ENTER or type command to continue
E316: ml_get: cannot find line 35
Hit ENTER or type command to continue
[...]

Avui, mentre treballava amb el servidor de la feina, de cop he començat a tenir problemes al desar fitxers, els resultats no se’m gravaven i, realment m’he pensat que se’ns estava morint el disc… ha provocat un Kernel Panic dins el meu cap…

El tècnic m’ha dit que m’estava passant de la quota que tinc assignada :-)

Fa un parell de dies, alguns mitjans ens despertaven amb una notícia apareguda a la revista New Scientist: el desgel dels pols va molt més ràpid del que ens pensàvem.

Last month, just 4.28 million square kilometres of ice covered the Arctic ocean, 23 per cent less than the previous record low, set in 2005, and 39 per cent less than the average annual minimum between 1979 and 2000.

A banda dels problemes que això pot comportar a nivell de l’augment del nivell dels mars i oceans (que pot comportar la desaparició d’illes i comunitats senceres), el fet que ens desaparegui el gel dels pols té un altre efecte (que es retroalimenta) altament negatiu: la disminució del retorn de radiacions solars.

M’explico. Un cos que rep radiacions, s’escalfa. El nivell de radiacions rebudes i retornades determinarà l’escalfament d’aquest cos. És a dir, com més radiació sigui capaç de retornar (reflectir) menys s’escalfarà. A aquest nivell, els gasos d’efecte hivernacle són importants ja que deixen passar aquestes radiacions cap a la terra però no les deixen retornar a l’espai, cosa que suposa que el cos (la Terra) que envolten aquests gasos, s’escalfi. El mateix passa si agafem un mirall i un tros de plàstic negre i els posem al sol: el primer no s’escalfarà (o ho farà molt poquet), mentre que el segon, com que no retorna pràcticament cap radiació, s’escalfarà molt més.

Dijous de la setmana passada, als JOCS, ens van fer adonar de quelcom que sovint ens passa per alt però que és molt imporant: l’index de reflexió del gel i de l’aigua. Al nostre planeta tenim terra, mar i gel. La primera retorna radiacions però en menor grau que els dos segons, per tant, com més terra, més escalfament. Però, entre els dos segons -aigua i gel- també hi ha grans diferències (no en recordo les dades numèriques), aneu a veure un llac a l’hivern (cobert de gel i neu) i a l’estiu, oi que no enlluernen igual? Doncs bé, la preocupació, a banda de la pujada del nivell del mar, que comporta el desgel dels pols és la disminució de les radiacions retornades a l’espai. Això fa que el planeta (el cos) retorni menys radiacions i, per tant, contribuïm al seu escalfament. El pitjor de tot: es retroalimenta. Com menys radiacions retorni, més escalfament. A més escalfament, menys gel. A menys gel, més calor,…

Contra l’engostipat… beure molt de líquid. Quan estàs engostipat el millor és fluidificar les mucositats i per fer-ho, pràcticament res millor que beure molt de líquid. També et pots ajudar prenent algun mucol·lític com ara Flumil (N-acetilcisteïna -desconec si n’hi ha un genèric-). En cas de tenir febre i/o mal de cap, Ibuprofè o Paracetamol. El primer cada 8 hores i el segon cada 4-5. En cas de grip (grip de debò), potser cal afegir-hi quelcom més, sempre sota control mèdic i/o farmacèutic.

Aquests dies arrossego un bon engostipat :-)

Les Juventudes ens donen peixet. Gràcies!