Wednesday, October 17th, 2007


Per estudiar reaccions enzimàtiques fent ús de la química computacional a nivell quàntic, sovint, ens veiem forçats a treballar amb petits models dels centres actius. Treballem amb models de, com a màxim, 150-200 àtoms, en front els milers que hi ha en una proteïna sencera. Al treballar a nivell quàntic, els requeriments de computació són més elevats com més alt sigui el nombre d’àtoms del sistema.

Fent això, passem per alt l’efecte que pot tenir l’entorn proteïc sobre el centre actiu i la reacció que s’hi realitza. Aquest efecte sol ser estèric, és a dir, espaial, i electrostàtic (càrregues positives i negatives). Quan es construeix un model ja es mira de tenir en compte aquests factors però, les limitacions que he esmentat abans són, sovint, les que manen.

Fer créixer un model per tenir més en compte els efectes estèrics implica, si es vol cert realisme, augmentar el nombre d’àtoms del sistema i, per tant, alentir o impossibilitar el càlcul. Ben diferent és el cas de l’efecte electrostàtic, ja que una possible solució pot ser fixar càrregues puntuals a l’espai.

Això és quelcom que, tot i que no sé si algú ho ha provat abans, fa dies que estic posant a prova. La idea és ben senzilla: la proteïna està feta d’aminoàcids, aquests tenen moltes funcions i, una d’elles és aportar una càrrega al sistema. Una càrrega negativa, per exemple, ens estabilitzaria un substrat positiu, i una positiva un de negatiu. Doncs bé, el que faig és, primer buscar els aminoàcids que poden tenir algun tipus de càrrega i que sigui prop del centre actiu, ubico el centre de la càrrega a l’espai i se li donen unes coordenades (xyz). Després hi sobreposo el meu model (amb l’estructura optimitzada prèviament) i faig un càlcul puntual de l’energia del sistema. Aquesta energia és molt irreal ja que sobreposo dues coses fixes que a la realitat es mouen, però, en un cicle catal·lític, tots els punts es comparen entre ells i tenim cancel·lació d’errors.

Sé que això no és cap solució ni he descobert la sopa d’all, però em permet, com a mínim en els meus sistemes, estudiar amb una mica més de realisme què passa dins els meus enzims.

Fa dos dies, un esboranc a Bellvitge provocava importants endarreriments a la xarxa de rodalia i mitja distància de Renfe. Els trens a l’aeroport no circulaven. Els regionals sortien quan volíen, els de rodalia igual. La gent va arribar tard a la feina. I així… un llarg etcètera. Un esboranc. Un tren espatllat. Una catenària,…

RENFE i els govern ecspanol es justifiquen dient que estan millorant el servei, que d’aquí un temps, quan s’acabin les obres del TGV, tindrem la millor xarxa ferroviària i que, de moment, tornen diners els dies que falla. En primer lloc, ja em direu què té a veure el TGV amb els trens que s’espatllen, les catenàries que cauen, les vies de fa dècades,… En segon lloc, això de la tornada de diners és simplement maquillatge, sóc usuari de Regionals i encara no he vist un duro.

I, per acabar… poden tornar diners als usuaris, fer promeses inútils,… però, qui pagarà les pèrdues que generaran la mala imatge que donem a la gent de fora que vol anar o venir de l’aeroport? qui pagarà les pèrdues d’hores laborals que provoquen aquests endarreriments? qui? qui ho pagarà tot això?

Suposo que nosaltres, com sempre.